Bayerns Verkehrsminister Martin Zeil weist die ungerechtfertigte Kritik von Münchens Oberbürgermeister Christian Ude, dass die Finanzierung der 2. Stammstrecke unklar sei, strikt zurück. „Ich habe mich immer klar zu den Kosten geäußert. Die Planungen der 2. Stammstrecke und die Projektkosten haben sich nicht verändert. Dies hat Anfang Januar auch der Deutsche-Bahn-Vorstand öffentlich bestätigt. Die Äußerungen von OB Ude sind daher reines Wahlkampfgetöse. Erst mit der jetzigen Bundesregierung ist es gelungen, eine Finanzierung für die 2. Stammstrecke zu stemmen, nachdem die Bundesverkehrsminister der SPD gut ein Jahrzehnt nichts zustande gebracht haben", betont Zeil. „Wir werden weiterhin streng darauf achten, dass wir beim Bau der 2. Stammstrecke in keine finanziellen Risiken laufen. Deshalb haben wir von Anfang an eine strenge Kostenkontrolle eingeführt. Ich werde die Öffentlichkeit als erster unterrichten, falls es den geringsten Anhaltspunkt für tatsächliche Kostensteigerungen geben sollte."
Verkehrsminister Zeil ergänzt: „Wir haben stets auf einen transparenten Prozess bestanden, der auch von Herrn Ude immer mitgetragen wurde. Nun Spekulationen über ein Scheitern des verkehrspolitischen Schlüsselprojekts anzustellen und sogar Alternativen wieder aufzutischen, die längst auch von der Stadt verworfen worden sind, zeigt, dass Ude offenbar krampfhaft nach Wahlkampfthemen sucht. Wenn er glaubt, den Schulterschluss zwischen Stadt, Land und Bund bei der 2. Stammstrecke in Frage zu stellen, dann verstößt er aus durchsichtigen Gründen gegen Münchner Interessen. Ich kann Herrn Ude nur davor warnen, sich von dem unverzichtbaren Verkehrsprojekt 2. Stammstrecke abzusetzen, das er vor kurzem noch um jeden Preis verteidigte." Die Diskussionen um Kostensteigerungen, so Zeil weiter, kämen immer von einer Seite, die offensichtlich keine ehrliche und sachliche Lösung anstrebe. „Von den Grünen und den Freien Wählern wussten wir bisher schon, dass sie die täglich 800 000 Pendler lieber im Regen stehen lassen wollen. Von OB Ude ist eine solche Verhinderungspolitik bislang nicht bekannt gewesen"; kritisiert der Minister.
Am 26. November 2012 einigten sich Bund, DB AG und Freistaat auf Eckpunkte der Gesamtfinanzierung der 2. Stammstrecke. Die Einigung erfolgte dabei auf der Grundlage des von der DB AG bestätigten Kostenrahmens von 2,047 Milliarden Euro. In dem Betrag ist bereits eine jährliche Preissteigerung von zwei Prozent berücksichtigt, was einem Puffer von rund 250 Millionen Euro entspricht. Im Bau- und Finanzierungsvertrag ist zusätzlich ein Risikobudget von 500 Millionen Euro vorgesehen. Das fortlaufende Kosten-Risiko-Management garantiert, dass alle neuen Erkenntnisse aus den laufenden Verfahren berücksichtigt werden.
Der Bau- und Finanzierungsvertrag sowie eine strenge Kostenkontrolle inklusive eines großzügigen Risikobudgets schützen den Freistaat vor unbeherrschbaren Kostenentwicklungen bei der 2. Stammstrecke. „Die 2. Stammstrecke als zentrales Element des Bahnknoten-Konzeptes der Bayerischen Staatsregierung hat sich in allen Untersuchungen als die beste Lösung für die Zukunftsfähigkeit der S-Bahn und des gesamten Schienenpersonenverkehrs in München und der Metropolregion herauskristallisiert. Die 2. Stammstrecke ist greifbarer denn je und bringt sofort Verbesserungen im gesamten S-Bahnnetz. Sie ist für München und gesamt Südbayern unabdingbar", hebt der Verkehrsminister abschließend hervor.